การใช้เรือพระที่นั่งอัญเชิญพระบรมศพ ปรากฏครั้งแรกในสมัยกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระเพทราชา ทรงโปรดให้อัญเชิญพระบรมศพของสมเด็จพระนารายณ์มหาราชจากเมืองลพบุรีมายังกรุงศรีอยุธยา
เพื่อถวายพระเพลิงโดยใช้เรือพระที่นั่งศรีสมรรถไชย การใช้ขบวนเรือในพระราชพิธีพระบรมศพจัดเป็นริ้วขบวนที่เด่นชัด ปรากฏในงานพระบรมศพสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศและพระมเหสี ใช้ขบวนทางชลมารค
หลังจากถวายพระเพลิงพระบรมศพแล้ว อัญเชิญผอบทองพระอัฐิขึ้นประดิษฐานบนเสลี่ยงทองด้วยขบวนพยุหยาตราไปขึ้นเรือพระที่นั่ง ขบวนพยุหยาตราทางชลมารคที่ใช้ในการพระบรมศพนั้น ได้สืบทอดต่อมาอีกหลายรัชกาล
ดังเช่น งานพระบรมศพสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี งานพระบรมศพพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช งานพระบรมศพพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว แม้ว่าบางรัชกาลจะจัดเฉพาะขบวนแห่พระอังคารเพื่อไปลอยในแม่น้ำ
เช่น การลอยพระอังคารกรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาทในรัชกาลที่ 1 ซึ่งอัญเชิญพระอังคารประดิษฐานบนเรือพระที่นั่งกิ่งไปลอยที่หน้าวัดปทุมคงคา รวมถึงการพระบรมศพพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว
เมื่อมีพระราชพิธีถวายพระเพลิงพระบรมศพแล้ว ได้แห่พระอังคารด้วยขบวนเรือพระที่นั่ง โดยผอบพระอังคารประดิษฐานบนเรือพระที่นั่งไกรสรมุขพิมานไปลอยที่หน้าวัดยานนาวา เช่นเดียวกับงานพระบรมศพของรัชกาลที่ 4
แต่ทรงเรือพระที่นั่งเอกไชย แต่สำหรับในปัจจุบันไม่ได้มีการใช้ขบวนเรือพระที่นั่งอัญเชิญพระบรมศพ หรือพระอังคารกันแล้ว