นับตั้งแต่มีการจัดขบวนพยุหยาตราทางชลมารคเมื่อคราวฉลองพระนครครบ ๑๕๐ ปี พ.ศ. ๒๔๗๕ ในรัชกาลที่ ๗ แล้ว
ไม่ปรากฎหลักฐานว่าได้มีการจัดขบวนพยุหยาตราทางชลมารคอีกเลย



จนในปี พ.ศ. ๒๕๐๐ ในรัชกาลที่ ๙ ซึ่งพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร
เพื่ออนุรักษ์วัฒนธรรมไทยให้สืบต่อเนื่องยาวนาน พระองค์ทรงเป็นผู้โปรดเกล้าฯ ให้ฟื้นฟูประเพณีเสด็จพระราชดาเนินถวายผ้าพระกฐิน
โดยกระบวนพยุหยาตราทางชลมารคขึ้นอีกครั้ง หลังจากว่างเว้นมานานถึง ๕๐ ปี นับตั้งแต่การสมโภชน์กรุงรัตนโกสินทร์ ๑๕๐ ปี
 

การจัดขบวนพยุหยาตราทางชลมารคครั้งแรกในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพล อดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร (รัชกาลที่ ๙) เกิดขึ้นในปี พ.ศ. ๒๕๐๐ ซึ่งเป็นปีที่ทางราชการได้จัดงานฉลอง ๒๕ พุทธศตวรรษขึ้น
และได้จัดให้มีขบวนเรือพระราชพิธี อัญเชิญพระพุทธรูป ไตรปิฏก และพระสงฆ์ แห่ไปตามลำแม่น้ำเจ้าพระยา ให้เป็นการเฉลิมฉลอง ขบวนครั้งนี้เรียกว่า “ขบวนพุทธพยุหยาตรา” การจัดรูปขบวนเรือคล้ายรูปขบวนพยุหยาตราน้อย แต่ไม่ครบ
เนื่องจากเรือพระราชพิธีชำรุดเสียหายไปบ้าง

 

 

ขบวนพยุหยาตราทางชลมารค ในสมัยรัชกาลพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร (รัชกาลที่ ๙) ครั้งใหญ่ซึ่งเป็นที่จดจำ คือ การจัดขบวนพยุหยาตราทางชลมารค (ใหญ่)
เฉลิมฉลองในพระราชพิธีกาญจนาภิเษกในพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช ฉลองสิริราชสมบัติครบ ๕๐ ปี ซึ่งทรงครองราชย์นานกว่าพระมหากษัตริย์ทุกพระองค์ในอดีต
จัดเมื่อวันที่ ๗ พฤศจิกายน ๒๕๓๙ อย่างยิ่งใหญ่ ในหลวงรัชกาลที่ ๙ ได้เสด็จพระราชดำเนินถวายผ้าพระกฐิน โดยขบวนพยุหยาตราชลมารค ณ วัดอรุณราชวราราม

 

ขบวนพยุหยาตราทางชลมารคครั้งนี้ได้มีการจัดริ้วขบวนอย่างสวยงามและสง่ายิ่ง อีกทั้งยังมีเรือพระราชพิธีลำใหม่ คือ เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙ ซึ่งกองทัพเรือและกรมศิลปากรร่วมกันสร้างขึ้นเพื่อน้อมเกล้าน้อมกระหม่อมถวาย
โดยได้นำโขนหรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณที่สร้างในสมัยรัชกาลที่ ๓ และรัชกาลที่ ๔ มาเป็นแม่แบบ กองทัพเรือได้ดำเนินการสร้างในส่วนที่เป็นโครงสร้างของตัวเรือ พายและคัดฉาก ส่วนกรมศิลปากรดำเนินการในงานที่เกี่ยวกับศิลปกรรมของเรือทั้งหมด
โดยหัวเรือพระที่นั่ง จำหลักรูปพระวิษณุประทับยืนบนครุฑ ซึ่งได้แสดงรูปพระวิษณุและลักษณะอันโดดเด่นของพระองค์ เช่น พระวรกายคล้ำ ในพระกรทั้ง ๔ ทรงถือจักร สังข์ คทา และตรีศูล ประทับบนครุฑยุดนาค หรือครุฑที่จับนาค ๒ ตัวชูขึ้น



ตามคัมภีร์ปุราณะ ครุฑกับนาคเป็นศัตรูกัน แต่ทั้งสองก็รับใช้พระวิษณุ ครุฑ เจ้าแห่งนกทั้งหลาย เป็นสัญลักษณ์แห่งพลังของท้องฟ้า นาค เป็นสัญลักษณ์แห่งพลังของน้ำ

เมื่อพระวิษณุอยู่เหนือครุฑและนาค ย่อมแสดงว่าพระองค์ทรงมีพลังในการพิทักษ์ปกป้องโลกทั้งมวล
 

ในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช (รัชกาลที่ ๙) ได้มีการจัดขบวนพยุหยาตราทางชลมารค ตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๕๐๐ จนกระทั่งปี พ.ศ. ๒๕๕๕ จำนวน ๑๕ ครั้ง
และจัดขบวนเรือพระราชพิธี จำนวน ๒ ครั้ง สำหรับขบวนพยุหยาตราทางชลมารคในสมัยพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร (รัชกาลที่ ๙)
ส่วนใหญ่จะเป็นการเสด็จไปทอดผ้าพระกฐิน ณ วัดอรุณราชวราราม

ส่วนการจัดขบวนเรือพระราชพิธี ๒ ครั้ง ได้แก่ การจัดขบวนเรือพระราชพิธี เนื่องในการประชุมเอเปก ๒๐๐๓ (๒๐ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๔๖)

และเนื่องในวโรกาสสมเด็จพระราชาธิบดีและสมเด็จพระราชินีต่างประเทศ ร่วมงานฉลองสิริราชสมบัติครบ ๖๐ ปี (๑๒ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๔๙) โดยการจัดขบวนเรือพระราชพิธี ๒ ครั้งนี้
เป็นเพียงการสาธิตแห่ขบวนเรือซื่งพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร มิได้เสด็จในขบวนด้วย